Ο Κουκουλεκίδης από το 2001 έως το 2005 ήταν στο τεχνικό επιτελείο του Άρη, πέρσι καθοδηγούσε την Στρούμιτσα ενώ μέχρι πρότινος βρισκόταν στην τεχνική ηγεσία του Απόλλωνα στην Κύπρο.