Απαλλαγή από τις δυο εκ των τριών κατηγοριών που αφορούσαν ζητήματα του τελικού του Κυπέλλου, πέτυχε η ΑΕΚ στη δίωξη που έγινε στις 1/7 από τον ποδοσφαιρικό εισαγγελέα, Κωνσταντίνο Σιμιτζόγλου. Η Πειθαρχική Επιτροπή της ΕΠΟ απάλλαξε την Ένωση και για την κατηγορία για είσοδο οπαδών στο γήπεδο για να πανηγυρισμούς για το κύπελλο, αλλά και για εξύβριση στον πρόεδρο της ΕΠΟ Γιώργο Γκιρτζίκη.

Ο Γιώργος Γκιρτζίκης είχε καταγγείλει ότι… "δεν μου επέτρεψαν να κάνω την απονομή. Με εντολή παράγοντα της ΑΕΚ μπήκε ανθρώπινο "τείχος" μπροστά από εμένα και ο συγκεκριμένος παράγοντας είπε στους παίκτες "πάρτε το μόνοι σας"".

Όσο για την "κατηγορία" της "μη απονομής του κυπέλλου στους νικητές", αυτή παραπέμφθηκε στην επιτροπή Δεοντολογίας της ΕΠΟ. Αναλυτικά η απόφαση:

"Η Πειθαρχική Επιτροπή της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας κατά την τελευταία της συνεδρίαση έλαβε την παρακάτω απόφαση. Υπόθεση: Κλήση ΠΑΕ ΑΕΚ σε απολογία για αδικήματα που προβλέπονται και τιμωρούνται πειθαρχικώς βάσει των διατάξεων των άρθρων 1, 2 α, γ’, 11 παρ. 1, 2, 3, 10 παρ. 1, 12, 14, 15, 26, 35 του Πειθαρχικού Κώδικα της Ε.Π.Ο. και 46 παρ. 2 του Δικονομικού Κανονισμού Λειτουργίας Πειθαρχικών Επιτροπών της Ε.Π.Ο. (τελικός αγώνας Κυπέλλου Επαγγελματικών Ομάδων 2016-17, ΑΕΚ-Ολυμπιακός, 17/5/2016).

Απόφαση (207/2016): Δικάζει απούσας της εγκαλουμένης. Απαλλάσσει την εγκαλουμένη των αποδιδόμενων σε αυτήν υπό στοιχεία «α» (είσοδος φιλάθλων της πριν την έναρξη του αγώνα σε κερκίδα του αγωνιστικού χώρου) και «β» (εξύβριση του προέδρου της Ε.Π.Ο. από παρισταμένους φιλάθλους της) πράξεων. Κηρύσσει εαυτόν καθ’ ύλην αναρμόδια για την εκδίκαση της υπό στοιχείο «γ» πράξης (μη απονομή Κυπέλλου στους παίκτες της νικήτριας ομάδας, κατόπιν αντίστοιχης προτροπής του προέδρου της). Παραπέμπει την υπόθεση στην αρμόδια Επιτροπή Δεοντολογίας της Ε.Π.Ο. κατά το σκέλος που αφορά στην υπό στοιχείο «γ» πράξη. Κρίθηκε, αποφασίσθηκε και δημοσιεύθηκε σε έκτακτη δημόσια συνεδρίαση στο ακροατήριό της στην Αθήνα την 16η Σεπτεμβρίου 2016, χωρίς να παρίστανται εκπρόσωποι ή πληρεξούσιοι δικηγόροι του αναφερόμενου στην αρχή της παρούσας νομικού προσώπου. Γίνεται μνεία ότι κατά αυτής της απόφασης χωρεί έφεση εντός προθεσμίας πέντε (5) ημερών για τους διαδίκους και δώδεκα (12) ημερών για τον Υπεύθυνο Άσκησης Πειθαρχικής Δίωξης Ποδοσφαιρικών Αδικημάτων από τη σύμφωνα με το Δικονομικό Κανονισμό Λειτουργίας των Δικαστικών Οργάνων της Ε.Π.Ο. γνωστοποίηση της απόφασης σε αυτούς".